L'Istituto Superiore di Scienze Religiose San Francesco è stato fondato nel febbraio 1992 dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica della Santa Sede (prot. n. 1356/91/7) e costituisce il più autorevole riconoscimento dell’esperienza che la Diocesi di Mantova aveva avviato con le sue precedenti iniziative: prima come Studio Teologico (1979-85) e poi come Istituto di Scienze religiose (1986- 91).
L’Istituto è collegato alla Facoltà Teologica di Milano che ne garantisce il livello accademico-scientifico.
Nel settembre 2007 la Congregazione per l’Educazione Cattolica, all’interno del piano nazionale di riordino dei cicli di studio degli ISSR, ha riconosciuto anche l’Istituto San Francesco con il piano di studi 3 + 2:
Si veda l'Istruzione sugli ISSR del 2008, della stessa Congregazione.
Fine dell’ISSR San Francesco è la promozione degli studi nel campo della teologia e delle scienze religiose per:
Moderatore: S.E. mons. Marco Busca, vescovo di Mantova