Il centro abitato e la fertile campagna circostante si estendono a monte della confluenza del fiume Chiese nell'Oglio: le loro sponde ne delimitano, in buona parte, il territorio.
Il nome latino (Acquanigra) deriva dal colore del terreno torboso e marnoso, e non da quello delle acque che, un tempo, scorrevano limpide.

Insediamenti umani di notevole rilevanza si ebbero, in epoca romanica, lungo le rive dei fiumi; una lapide - risalente al 200-300 d.C. e trovata nella parrocchiale - testimonia l'erezione di un tempio a Iside. Nel medioevo la presenza di una fiorente comunità di monaci benedettini è documentata da munifiche donazioni di terre, dalle bonifiche effettuate e dalla chiesa parrocchiale dedicata a san Tommaso, di stile romanico nelle sue linee originarie, dal maestoso campanile. La giurisdizione dell'abbazia si estendeva su una vasta zona che comprendeva i territori di Redondesco e Calvatone. Nel 1457 divenne commenda cardinalizia; nel 1567 fu trasformata in vicaria perpetua.

L'antica chiesa dell'abbazia di Acquanegra, a croce latina divisa in tre navate, attualmente con la facciata e le volte del soffitto in stile barocco, ha subito numerosi interventi e rifacimenti in epoche successive. Sotto il pavimento sono stati scoperti alcuni mosaici, di pregevole fattura, raffiguranti animali simbolici e un non identificato personaggio (Sinon) a cavallo.
In tempi recenti, con l'interessamento della Sovrintendenza e con il contributo dell'Amministrazione provinciale, sono tornati alla luce ampi squarci di affreschi, di notevole qualità, che ornano le pareti della navata centrale; rappresentano, in due registri sovrapposti, maestose figure di solenni personaggi dell’Antico Testamento e alcuni episodi biblici, come la creazione e l'alleanza. L'ipotesi oggi più accreditata dagli esperti indica nei personaggi la rappresentazione di tutti i libri della Bibbia; si tratta di una struttura piuttosto originale e quasi unica nel suo genere. 

Nel centro abitato sorgono la chiesa di San Fortunato martire, che custodisce le reliquie del suo corpo, e l’oratorio di San Rocco, probabile ex voto per la peste del 1600; nella frazione di Beverara la chiesa di San Michele, di origine romanica.

La parrocchia appartiene alla Diocesi di Mantova dal 1787; in precedenza, fin dalle sue origini, era sotto la giurisdizione ecclesiastica di Brescia, salvo un periodo, intorno al 1500-1600, di affidamento all’arcidiocesi di Milano (in seguito a controversie con la commenda di Asola).