La prima pietra del Santuario viene posta nel 1955, il 12 aprile.

Già nel febbraio del 1954 l'architetto incaricato, Bruno Sarti di Sermide, aveva redatto il progetto dell'edificio ecclesiale e di tutti quegli insediamenti che dovevano garantire la vita della nuova parrocchia/santuario nella vastità dell'area pervenuta dalle donazioni citate.

L'onere di spesa preventivato deve però essere stato superato in fase di attuazione dei lavori della chiesa, perché la realtà pervenuta poco corrisponde al progetto globale studiato e approvato dalla Pontificia Commissione Centrale per l'Arte Sacra nell'ottobre 1955. Comunque al 1960 risale la dichiarazione di agibilità della nuova chiesa, documento firmato dal sindaco di Mantova, Grigato.

Sempre in quell'anno, 1960, il sabato 1 ottobre, alle ore 17, il Vescovo Antonio Poma benedisse il Santuario S.Pio X e consacrò l’altare maggiore della chiesa. Il giorno dopo, domenica 2 ottobre, il Card. Ernesto Ruffini, assistito dai vescovi Poma e Bertazzoni, accompagnò solennemente, con corteo di automobili, la reliquia di S.Pio X, dono del S.Padre Giovanni XXIII, dalla Cattedrale al Santuario, dove celebrò i Vespri Pontificali con il canto del “Te Deum”. 

Il vescovo dona poi il tabernacolo dorato, mentre i sacerdoti della diocesi di Mantova offrono l'altare in marmo di Candoglia, proveniente dalle cave di marmo della "fabbrica" del Duomo di Milano.

In cinque anni si è arrivati dunque alla chiesa santuario dedicata a San Pio X.