Situata a 25 km a ovest di Mantova ai confini con la diocesi di Cremona, delimitata dal fiume Oglio che segna il confine sia della parrocchia che della diocesi, Marcaria sorge intorno all'anno Mille.
Dalla documentazione d'archivio è testimoniata l'esistenza della chiesa parrocchiale, antecedentemente al 1300, situata presso il cimitero, tuttora esistente e funzionante. A partire dal 1500 la chiesa e la casa canonica vennero spostate in un luogo adiacente a quello dove sorge l'attuale tempio in stile barocco, che risale a 1700. Un secolo dopo, adiacente alla chiesa, venne costruita la canonica, tutto in funzione. La chiesa è stata recentemente sistemata e abbellita nella facciata. Il campanile, che risale al 1800, è dotato di cinque campane.
Nel tempio trovano collocazione reperti di un santuario dedicato alla Madonna eretto dai Gonzaga al di là del fiume Oglio nel 1600, quali la porta d'ingresso, i confessionali, la cantoria nella parte centrale del coro. Entrambe le chiese sono dedicate a San Giovanni Battista, raffigurato, nella parrocchiale, in una pala del Costa risalente al 1600 e porta nell'abside. Sempre in paese è situata una chiesetta dedicata a Sant'Anna, dove viene celebrata l'Eucaristia nel giorno dedicato alla santa.
In conseguenza del sisma del maggio 2012, la chiesa è momentaneamente chiusa per restauri.