Situata nella pianura dell'Oltrepò mantovano, poco distante dal confine con l'Emilia, è solcata da canali irrigui quali lo scolo Zara e il collettore della bonifica reggiana mantovana. E' servita da due vie di comunicazione: l'autostrada del Brennero con casello di uscita alla sua periferia e la linea ferroviaria Suzzara-Ferrara.
Il toponimo deriverebbe o da "pecunius" indicato quale fondatore di un piccolo villaggio agricolo nel primo secolo dopo Cristo, o da "pecunia" (denaro, ricchezza) indicando con questa la fertilità dei terreni in grado di offrire ogni anno raccolti abbondanti e redditizi.
Lo storico Tiraboschi dà vicino a Pegognaga l'antica città di Flexum.
Dopo quattro secoli di silenzio, probabilmente il centro abitato venne distrutto e abbandonato durante le invasioni barbariche. Attorno al 900 comparve il nuovo borgo di Pegognaga. All'inizio dell'XI secolo fu sotto il dominio di Matilde di Canossa e successivamente venne conteso tra i comuni di Mantova e di Reggio Emilia. In seguito entrò a far parte dei possedimenti e domini dei Gonzaga, sotto la reggenza visse uno dei periodi più floridi della sua storia. Il borgo fin da allora acquistò le basi economiche che ancor oggi lo indicano come uno dei maggiori centri agricoli del mantovano.
Pegognaga è stata una vera miniera di antichità romane. Valido per tutto l'interessantissimo capitello con la scritta "Pado patri" attestante che anche il Po, come il Tevere e l'Arno, ha avuto il suo monumento.
Fino al 1876 tuttavia era frazione del comune di Gonzaga e fu elevato a istituzione comunale nel 1877.
L'edificio sacro più notevole, per importanza storica e per pregio architettonico, è la matildica chiesa di San Lorenzo, costruita attorno al 1080. E' una costruzione di stile romanico in laterizio a pianta basilicale. A tre navate, con interno caratterizzato da solide colonne in cotto e cripta. Il tempio (Famedio) richiama quella particolare tradizione architettonica definita matildica mantovana: ad esempio, la sopraelevazione della parte mediana della facciata e la presenza di tre absidi. Fu decorato da molti artisti tra i quali il Pinturicchio e il Ghirlandaio (opere andate tutte perdute). L'ultimo restauro impegnativo risale al 1932, quando vennero riedificate intere parti cadenti o distrutte.

In conseguenza ai gravi danni riportati nel sisma del maggio 2012 la chiesa parrocchiale dedicata a Santa Maria Assunta è stata demolita. Il 18 settembre 2022 è stata inauguarata la nuova chiesa, dedicata al Santo Spirito.