Una delle etimologie più accreditate di Roncoferraro evoca una estensione selvosa sottoposta a disboscamento ai fini di bonifica e ricca di animali selvatici. In effetti il territorio, già sede di uno stanziamento romano, in epoca altomedioevale faceva parte della Magna silva ostiensis, che si estendeva da Nonantola a Isola della Scala.
La bonifica avvenne verso il Mille ad opera dei monaci dell'abbazia di San Benedetto in Polirone, da cui dipendevano due corti tuttora esistenti, S. Carriano e S. Giovanni. In quest'ultima, una testimonianza del 1005 attesta l'esistenza di una cappella intitolata a S. Giovanni Battista "tutelare delle acque". La scelta del "Battezzatore" come patrono della corte suddetta, e in seguito della parrocchia, è motivata dal pericolo costituito dalle inondazioni del Mincio e del Po a sud del territorio.
Nell'alto medioevo un altro centro rilevante della zona divenne il Castello, difesa a Nord dai Veronesi, che giungevano col loro dominio fino alla confinante Villimpenta. Sulle rovine del Castello oggi si erge il municipio e attorno si è sviluppato il centro abitato
La chiesa parrocchiale attuale è stata fatta costruire ex novo dagli Austriaci nell'800. Lavori di restauro hanno messo in luce tracce di un primitivo tempio romanico con direzione est-ovest, in parte ristrutturato tra la fine del XVI secolo e gli inizi del XVII secolo. Di forme austere ed eleganti, lo stile è neoclassico, ad unica navata; con il transetto ne risulta una pianta quasi a croce greca.